প্রতিষ্ঠা সাল -১৯১৮খ্রিঃ
ভেড়ামারা মডেল উচ্চ বিদ্যালয় কর্তৃক ২০০৭ সালে উদযাপিত হীরক-জয়ন্তী উপলক্ষে প্রকাশিত স্মরণিকা “মোহনা” থেকে জানা যায় যে, অত্র এলাকার জ্ঞানী বিদ্যোৎসাহী ব্যক্তিদের উদ্যোগে এবং নদীয়া জেলার ডিস্ট্রিষ্ট ম্যাজিষ্ট্রেটের সহায়তায় বাবু জিতেন ভাদুড়ী, নরপতি বিশ্বাস, মাখন লাল জমিদার, গৌর গোপাল বিশ্বাস জমিদার, প্রসন্ন কুমার সরকার, নন্দগোপাল গোস্বামী, প্রথম বাঙ্গালী জজ জগদুর্লভ মজুমদার, ভেড়ামারা ইউনিয়নের তৎকালীন প্রেসিডেন্ট ফতেহ আলী পন্ডিত প্রমূখ ব্যক্তিবর্গের প্রচেষ্টায় ৫ম শ্রেণি ও ৬ষ্ঠ শ্রেণি নিয়ে এম.ই স্কুল হিসেবে চন্ডিপুর চন্দনা নদীর তীরে স্থাপিত হয়। তৎকালীন নদীয়া জেলার জেলা ম্যাজিষ্ট্রেটের নাম অনুসারে স্কুলটির নাম হয় ভেড়ামারা চন্ডিপুর যোগেন্দ্র কুমার ইনস্টিটিউশন সংক্ষেপে বি.সি.জে.কে. ইনস্টিটিউশন। প্রথম প্রধান শিক্ষক ছিলেন বাবু জিতেন্দ্রনাথ ভাদুড়ী।
পদ্মা নদীর উপর হার্ডিঞ্জ ব্রীজ চালু হলে ভেড়ামারার গুরুত্ব বৃদ্ধি পায় এবং পদ্মার ভাংগা গড়ার খেলায় ভেড়ামারার অবস্থান দৃঢ় হলে সকলে মিলে বি.সি.জে.কে ইনস্টিটিউশন কে ভেড়ামারায় স্থানান্তর করেন। জানকী ভূষণ সাহার দানকৃত জমির উপর তৎকালীন ষ্টেশন মাস্টার নুরুজ্জামান চৌধুরীর আর্থিক সহায়তায় লাল ভবনে শুরু হয় ভেড়ামারা উচ্চ বিদ্যালয়। কালের গতিধারা অনুসারে স্কুলটি চলছিল অন্যান্য স্কুলের ন্যায়। ১৯৪৭ সালে অধিকাংশ হিন্দু শিক্ষক ভারতে চলে গেলে শূন্যতার সৃষ্টি হয়। ঘন ঘন প্রধান শিক্ষক পরিবর্তন ও বিজ্ঞান শিক্ষকের অভাবে বিদ্যালয়ের সুনাম হারিয়ে যাওয়ার উপক্রম হয়। সে সময়ে আগমন ঘটে মোহাঃ রুহুল ইসলাম এমএ বি.এড ১৯৬২ সালে প্রধান শিক্ষকের দায়িত্ব ভার গ্রহণ করেন এবং ১৯৯৯ সাল পর্যন্ত দক্ষতা ও যোগ্যতার সাথে দায়িত্ব পালন শেষে ১৯৯৯ সালে অবসর গ্রহণ করেন। পরবর্তীতে স্কুলের নাম হয় ভেড়ামারা পাইলট উচ্চ বিদ্যালয়। অদ্যাবধি প্রধান শিক্ষক হিসেবে ২৪ জনের নাম প্রধান শিক্ষক কার্যকাল বোর্ডে লিপিবদ্ধ আছে।
বর্তমানে প্রতিষ্ঠানে ১টি পুরাতন তৃতীয় তলা, ১টি দ্বিতীয় তলা, ১টি প্রথম তলা ও টি আধাপাকা ভবনে মোট ২৯টি কক্ষ আছে। ২০১২ সালে মডেল প্রকল্পের আওতায় ১টি ৯ কক্ষ বিশিষ্ট তৃতীয় তলা মডেল ভবন নির্মিত হয়েছে। বর্তমানে বিজ্ঞান, মানবিক, এস,এস,সি ভোকেশনাল শাখা চালু আছে।বর্তমানে শিক্ষক শিক্ষিকা গচঙ ভুক্ত ২৭ জন ও কর্মচারী ০৮ জন। কয়েকজন শিক্ষক ও কর্মচারী খন্ডকালীন হিসেবে দায়িত্ব পালন করছেন।
উল্লেখ্য ২০১২ সালে অত্র বিদ্যালয় বিএসবি কতৃক শ্রেষ্ঠ প্রতিষ্ঠান নির্বাচিত এবং ২০১২ সালে মডেল বিদ্যালয় ঘোষণা হওয়ায় অত্র প্রতিষ্ঠানে সহশিক্ষা চালু হয়েছে। অতীতের ন্যায় বর্তমানেও বিদ্যালয়টি স্ব-মহিমায় মাথা উঁচু করে দাঁড়িয়ে আছে এবং মানসম্মত শিক্ষা বিস্তারে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করছে। বিদ্যালয়টির বর্তমান নাম ভেড়ামারা পাইলট মডেল উচ্চ বিদ্যালয় এবং সভাপতি হিসেবে আছেন জনাব মোঃ শামিমুল ইসলাম ছানা,পৌর মেয়র ও সাধারণ সম্পাদক বাংলাদেশ আওয়ামীলীগ ভেড়ামারা শাখা,কুষ্টিয়া। এই বিদ্যালয়টি এলাকাবাসীর অহংকার।